Un Département de Renseignements pour la Défense Nationale (DRDN) japonais est créé pour faire face aux menaces contemporaines. Considérant qu'il s'agit là d'une violation des lois internationales et de la Constitution japonaise d'Après-Guerre, la Corée et la Chine se sentent offensées et entament une guerre économique.

En secret, les dirigeants du DRDN commencent une campagne de propagande concernant de possibles attaques contre le Japon et remettant la faute sur la Corée du Nord. Alors que les Etats-Unis interviennent, comme l'y oblige l'article 9 de la Constitution japonaise d'Après-Guerre, ils sont à leur tour victimes d'une attaque. Clamant son innocence, la Corée du Nord n'a pourtant plus d'autre choix que d'envenimer la situation en envahissant la Corée du Sud en guise d'avertissement.

Alors que la guerre commence dans la péninsule Coréenne, Sam Fisher doit mettre fin à l'alliance entre un Amiral japonais, un pirate informatique névrotique et le chef d'une organisation paramilitaire internationale pour empêcher qu'une nouvelle guerre mondiale n'éclate dans le Pacifique.